São João de Deus, falecido em Granada (Espanha), a 8 de Março de 1550, foi sepultado na igreja de Santa Maria da Vitória, pertencente à Ordem de São Francisco de Paula. Mais tarde, a 28 de Novembro de 1664, os Irmãos Hospitaleiros conseguiram que as relíquias do santo Fundador fossem transladadas para a igreja do seu hospital, na mesma cidade de Granada, colocando-as honorificamente, com grande júbilo, no altar-mor.

O Superior Geral, Irmão Alonso de Jesus Ortega, construiu uma grandiosa igreja dedicada ao santo Fundador e colocou as suas relíquias no “Camarim” acima do altar-mor. Bento XV elevou-a à categoria de Basílica, em 20 de Dezembro de 1916.