Dopo la morte di san Giovanni di Dio, avvenuta a Granada (Spagna) l’8 marzo 1550, il suo corpo fu seppellito nella Chiesa di Santa Maria della Vittoria, appartenente all’Ordine di san Francesco di Paola. I suoi figli ospedalieri riuscirono però a ottenere, nonostante le difficoltà, che le spoglie del santo Fondatore fossero trasferite, il 28 novembre 1664, nella Chiesa del loro ospedale in quella stessa città e le collocarono nell’altare maggiore con grande solennità.

Il Priore Generale Fra Alonso Pardo Ortega de Jesus costruì una grandiosa chiesa dedicata al santo Fondatore e collocò le sue reliquie nel “Camarìn” sopra l’altare maggiore. Benedetto XV, il 20 dicembre 1916, la elevò al titolo di Basilica.